Das 1953 geschaffene Gemeindewappen versinnbildlicht die drei Ortsteile:

Die obere Schildhälfte in rot mit zwei schrägrechten weissen Balken steht für die Berner Herren von Wil.

Der mittlere, schwarze Balken, welcher rot-weiss geschachtet ist, steht für das Gnadenthal als Zeichen des Zisterzienserinnen Klosters.

Der untere Teil mit dem durch das grüne Feld fliessenden Bach ist das Sinnbild für Nesselnbach.

Weitere Informationen über die Geschichte und die Entwicklung von Niederwil erfahren Sie aus der 1993 herausgegebenen Niederwiler Dorfgeschichte «Niederwil im Freiamt». Es gibt keine gedruckten Ausgaben mehr, Sie können das 320 Seiten umfassende Buch online ansehen.